上海交通大学图书馆采用一门式管理模式，淡化书库和阅览室的界限，推行大开放、大服务格局，实现"藏、查、借、阅、参" 五位一体的有机服务机制。
图书馆现采用借阅合一的服务模式，所有可借阅和非借阅的文献均在各阅览室统一排架，提供服务。其中，2023年订购的纸质期刊馆藏情况请见：中文专业刊现刊清单、特色报刊清单、外文现刊清单。
闵行校区主馆（理工生医农科综合馆）馆藏分布
楼层 | 名称 | 房间号 | 具体馆藏/馆藏分类号分布 |
一楼 | 密集书库 | A100 | 1999年以前的中外文图书、外文期刊合订本； |
二楼 | 参考工具书阅览室 | A200 | 综合性图书（Z类）中外文图书；中外文工具书；2012年后工学中文期刊合订本、中外文赠书； |
工学阅览室-Ⅰ | B200 | 工业技术、矿业、石油、天然气、冶金、金属学、机械、仪表工业、武器工业、能源与动力、电工技术、电子技术、通信技术（T、TB、TD、TE、TF、TG、TH、TJ、TK、TL、TM、TN类）中外文图书；工业技术、矿业、石油、天然气、冶金、金属学、机械、仪表工业、武器工业、能源与动力、电工技术（T、TB、TD、TE、TF、TG、TH、TJ、TK、TL、TM）中文期刊； | |
| 特色资源阅览室 | C200 | 特色资源图书，上海交通大学出版社期刊 | |
综合阅览空间 | D200 | 语言、文字、历史、地理（H、K类）中文图书、休闲期刊及报纸 | |
三楼 | 理学阅览室 | A300 | 自然科学总论、数理科学和化学、地球科学（N、O-O3、P2-5、P7、P9类）中外文图书、中文期刊 |
工学阅览室-Ⅱ | B300 | 自动化技术、计算机技术（TP-TP392类）中外文图书； 电子技术、通信技术、自动化技术、计算机技术（TN、TP类）中文期刊； | |
赠书、外文期刊阅览室 | C300 | 日本科学协会赠书； | |
综合阅览空间 | D300 | 文学（I0-25类）中文图书、报纸 | |
四楼 | 生医农学阅览室 | A400 | 生物科学、医药、卫生、农业科学（Q、R、S类）中外文图书、中文期刊 |
工学阅览室-Ⅲ | B400 | 自动化技术、计算机技术、化学工业、轻工业、手工业、生活服务业、建筑科学、水利工程、交通运输、航空、航天、环境科学、安全科学（TP393-TP9、TQ、TS、TU、TV、U、V、X类）中外文图书； 化学工业、轻工业、手工业、生活服务业、建筑科学、水利工程、交通运输、航空、航天、环境科学、安全科学（TQ、TS、TU、TV、U、V、X类）中文期刊； | |
文库与特藏阅览室 | C400 | 交大文库、特藏资源中外文图书、本校学位论文； | |
综合阅览空间 | D400 | 文学（I26-7类）； |
闵行校区包玉刚图书馆（人文社科综合分馆）馆藏分布
楼层 | 名称 | 具体馆藏 |
地下一层 | 密集书库 | 2014年以前的中外文图书：哲学宗教（B）、社会科学总论（C）、政治、法律（D）、军事（E）、经济（F）、文化、科学、教育、体育（G）、语言、文字（H）、文学（I） |
二楼东 | 藏书区 | 2014年以后的中外文图书：经济（F）、历史、地理（K） |
三楼东 | 藏书区 | 2014年以后的中外文图书：哲学、宗教（B）、社会科学总论（C）、政治、法律（D）、军事（E）、语言、文字（H）、艺术（J） |
四楼东 | 藏书区 | 2014年以后的中外文图书：文化、科学、教育、体育（G）、文学（I） |
| 四楼联楼 | 藏书区 | 通识类图书 （A-Z） |
| 五楼东 | 藏书区 | 2014年以前的中外文图书：艺术（J）、历史、地理（K）、人文社科类期刊 |
| 五楼西 | 藏书区 | 马克思主义、列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论（A类）中外文图书 |
闵行校区李政道图书馆馆藏分布
楼层 | 名称 | 具体馆藏/馆藏分类号分布 |
二楼 | 二楼阅览室 | 物理学中、外文期刊及合订本（O4）；休闲期刊（C、D、E、F、G、H、I、J、N、R、X、Z） |
三楼 | 三楼阅览室 | 物理学、晶体学、天文学中外文图书（O4、O5、O7、P1） |
徐汇校区社科图书馆馆藏分布
楼层 | 名称 | 具体馆藏 |
一楼东 | 阅览室Ⅰ | 休闲期刊 |
一楼西 | 阅览室Ⅱ | 政治、军事、经济、文学、历史、地理（D、E、F、I、K类）中外文图书、中外文期刊 |
徐汇校区图书馆（储备书库）馆藏分布
储备书库不对外开放，提供应约取书服务，每周一、三、五上午入库取书
楼层 | 名称 | 具体馆藏 |
一楼 | 期刊、工具书库 中、外文书库 | 文摘索引期刊合订本、2009年前人文社科类（A-K）中外文期刊合订本、工具书、1999年后（N-Z）中文样本图书、1999年前（A-Z）中文样本图书、1999年后（A、B、C、G、J、N-Z）中外文流通图书 |
二楼 | 中文书库 | 1999年前（A-Z）中文流通图书 |
三楼 | 外文书库 | 1999年前（A-Z）西、日、俄文流通图书，(人大法)的俄文流通图书 |
四楼 | 中、外文书库（人大法） | (人大法)的中、西、日文流通图书 |